تم إنشاء مؤسسة الفرقان بهدف توثيق التراث الإسلامي المخطوط والحفاظ عليه، وذلك من خلال رصد المخطوطات الإسلامية وفهرستها وتصويرها وتحقيقها ودراستها ونشرها. ولكن، مع مرور الزمن، توسع نطاق عملها وأصبحت مؤسسة أم تتكوّن من ثلاثة مراكز:
مركز دراسات المخطوطات الإسلامية
(مركز المخطوطات)
أنشيء مركز المخطوطات بهدف توثيق مخطوطات التراث الإسلامي وحفظها، وذلك من خلال رصد المخطوطات الإسلامية وفهرستها ونشرها.
مركز موسوعة مكة المكرمة والمدينة المنورة
(مركز الموسوعة)
يهدف المركز إلى توثيق دور المدينتين الشريفتين في الحياة الدينية والثقافية والسياسية والإجتماعية والإقتصادية على مرّ العصور.
مركز دراسات مقاصد الشريعة الإسلامية
(مركز المقاصد)
تتلخّص مهمّه مركز المقاصد في إحياء فقه المقاصد، وتوسيع نطاق الإهتمام العلمي والفكري بمقاصد الشريعة، إضافةً إلى العلوم الشرعية والاجتماعية والإنسانية الأخرى.