تعد الإدارة التنفيذية أعلى مستويات الإدارة التنظيمية، ويضطلع أعضاؤها بالمسؤوليات اليومية للمؤسسة. وتتمتع الإدارة التنفيذية بسلطات تنفيذية خاصة، بتخويل من مجلس الإدارة.
أعضاء الإدارة التنفيذية:
 |
| السيد صالح شهسواري المدير التنفيذي لمؤسسة الفرقان |
 |
| د. عباس صالح طاشكندي الأمين العام لمركز الموسوعة |
أعضاء فريق العمل
- السيد أمجد محمد، منسق مكتب القاهر
- السيدة سو نوكل، مسؤولة المحاسبة والموارد البشرية
- السيد شريف مزغراني، مسؤول المبيعات والتوزيع
- السيدة كريمة بن عائشة، مسؤولة البيانات وقاعدة البيانات الرقمية
- السيد مأمون العباسي، مسؤل التواصل والفعاليات
- السيد محمد دريوش، مسؤول المشاريع والمنشورات
- السيدة وفا فاطمة إصفهاني، مسؤولة المكتبة والمجموعات الخاصة
مكاتب الفرقان
يقع المقر العام والرئيسي لمؤسسة الفرقان في لندن؛ ولها مكتبان آخران، أحدهما في جدة، بالمملكة العربية السعودية، والآخر في القاهرة، بمصر.