تعد الإدارة التنفيذية أعلى مستويات الإدارة التنظيمية، ويضطلع أعضاؤها بالمسؤوليات اليومية للمؤسسة. وتتمتع الإدارة التنفيذية بسلطات تنفيذية خاصة، بتخويل من مجلس الإدارة.
أعضاء الإدارة التنفيذية:
 |
| السيد صالح شهسواري المدير التنفيذي لمؤسسة الفرقان |
 |
| د. عباس صالح طاشكندي الأمين العام لمركز الموسوعة |
أعضاء فريق العمل
- السيد أمجد محمد، منسق مكتب القاهرة
- السيدة آية الماوي، مسؤولة العمليات والترويج
- السيدة سو نوكل، مسؤولة المحاسبة والموارد البشرية
- السيد شريف مزغراني، مسؤول المبيعات والتوزيع
- السيدة كريمة بن عائشة، مسؤولة البيانات وقاعدة البيانات الرقمية
- السيد محمد دريوش، مسؤول المشاريع والمنشورات
مكاتب الفرقان
يقع المقر العام والرئيسي لمؤسسة الفرقان في لندن؛ ولها مكتبان آخران، أحدهما في جدة، بالمملكة العربية السعودية، والآخر في القاهرة، بمصر.