يقوم مركز المخطوطات بتنظيم مؤتمرات مختلفة متخصصة في موضوعات شتى تتعلق بالتراث الإسلامي المخطوط. ويجتمع في هذه المؤتمرات علماء وأكاديميون ومتخصصون في المخطوطات الإسلامية من كافة أنحاء العالم.
يتم التركيز خلال مؤتمرات المركز على الجوانب التالية المتعلقة بالحفاظ ودراسة المخطوطات الإسلامية: الرصد، والفهرسة، والتحقيق، والكوديكولوجيا، والدراسات الأخرى في المجال.
فيما يلي قائمة المؤتمرات التي نظمها مركز المخطوطات:
