يعد مجلس الإدارة أعلى هيئة في مؤسسة الفرقان، ويتمثل دوره في:
- تشكيل رؤية ورسالة المؤسسة؛
- الإشراف على الإدارة التنفيذية للمؤسسة؛
- ضمان الاستخدام الرشيد للتمويل؛
- ضمان تحقيق أهداف المؤسسة.
يتكون مجلس الإدارة من رئيس وثلاثة أعضاء. يعقد اجتماع مجلس الإدارة بشكل دوري بدعوة من رئيس المؤسسة أو أعضاء مجلس الإدارة.
أعضاء مجلس الإدارة:
السيد شرف أحمد زكي يماني، رئيس
الأستاذ الدكتور أكمل الدين إحسان أوغلى، عضو
الأستاذ الدكتورمحمد سليم العوا، عضو
الأستاذ الدكتور علي المحضار، عضو