في خضم أنشطتها العامة، وبغية تعزيز الروابط مع أولئك المهتمين بالتراث الإسلامي ذي الصلة بالمدينتين الشريفتين، مكة المكرمة والمدينة المنورة، ينظم مركز الموسوعة محاضرات تعالج موضوعات مختلفة.
كما يتم توثيق ونشر معظم هذه المحاضرات.
من بين محاضرات مركز الموسوعة ما يلي:
مركز الموسوعة
المحاضرات
مركز موسوعة مكة المكرمة والمدينة المنورة