بمناسبة الاتفاق مع مكتبة مصر الوطنية بشأن فهرسة مجموعات المخطوطة، نظمت مؤسسة الفرقان للتراث الإسلامي دورة تدريبية خاصة، مع التركيز على الجوانب العملية لفهرسة المخطوطات، ومعالجة الصعوبات والتحديات التي واجهها المفهرسون أثناء عملية الفهرسة.
عقدت الدورة التدريبية من 5 حتى 11 نوفمبر 2007 والتحق بها 25 مفهرساً من العاملين في قسم المخطوطات في المكتبة الوطنية (قسم المخطوطات في دار الكتب المصرية) أو في مركز تحقيق النصوص، وفي مكتبة وزارة الأوقاف، ومكتبة السيدة زينب، ومعهد المخطوطات المصرية وغيرها من مؤسسات ومعاهد التراث المصرية.
قام بالتدريس في هذه الدورة أساتذة بارزون مختصون في كل فروع علوم المخطوطات. من بينهم الأستاذ الدكتور عبد الستار الحلوجي، والأستاذ الدكتور أيمن فؤاد سيد، والأستاذ الدكتور عصام الشنتي، والدكتور وليد غالي، والدكتور محمد حلمي ابراهيم، والدكتور أوس الأنصاري.
شرعت، بعد انتهاء الدورة التدريبية، مجموعة مختارة من المفهرسين بفهرسة مجموعة المخطوطات العائدة للدار ضمن المكتبة الوطنية المصرية (دار الكتب المصري).