تعد "مكتبة الفرقان" التي أسست في شهر يوليو من العام 1990، وافتتحت رسمياً في الثلاثين من شهر نوفمبر 1991، مكتبة مرجعية وموسوعية تعزز البحوث والأنشطة الأكاديمية.
تضم المكتبة حتى يومنا هذا حوالي 11000 عنوان في ما يقارب 16000 مجلد. وفضلاً عن ذلك، تضم مجموعة المكتبة أكثر من 1800 فهرس للمخطوطات الإسلامية، في ما يقارب 2500 مجلد، من أكثر من سبعين دولة.
نظمت مقتنيات المكتبة ورتّبت وفق نظام التصنيف المتبع في مكتبة الكونغرس (LCC)، وذلك لتيسير استخدامها، في حين أن فهارس مجموعة المخطوطات الإسلامية جرى تصنيفها وفق البلد الذي تنتمي إليه المخطوطة.
غطت الموضوعات الرئيسة التالية: دراسات إسلامية، حديث، فقه إسلامي، دين (لاهوت) إسلامي، فلسفة، علوم، طب تاريخ، جغرافيا، هندسة معمارية، فنون، أدب، إلخ.. مكتوبة باللغات الإسلامية الرئيسة بما في ذلك العربية، والفارسية، والتركية، والأوردية، والسواحلية، والغوجاراتية، إضافة إلى الروسية واللغات الأوربية. كما تحتوي مجموعة المكتبة على معاجم متعددة اللغات، ومعاجم بيبليوغرافية عربية، وموسوعة، تغطي المرحلة الزمنية منذ الحقبة الكلاسيكية حتى الآن.
