اعترافاً بأهمية دراسة التراث الإسلامي والإرث التاريخي لمكة المكرمة والمدينة المنورة، إضافة إلى سمو مقام هذا التراث وقداسته عند المسلمين كافة، أخذت مؤسسة الفرقان على عاتقها مسؤولية نشر مرجع شامل يتعلق بهاتين المدينتين المقدستين بعنوان موسوعة مكة المكرمة والمدينة المنورة لتتخصص في جميع المجالات ذات الصلة بالمدينتين. عُقد أول اجتماع لمجلس المستشارين للموسوعة في مدينة جَدّة في الرابع من نوفمبر من العام 1994، وقد مَيّز ذلك الاجتماع ميلاد مركز إعداد الموسوعة التابع لمؤسسة الفرقان.
