تضم مكتبة الفرقان ما يقارب الـسبعة عشر ألف (17,000) عنوانا في حوالي ثلاثين ألف (30,000) مجلد، في موضوعات متنوعة؛ فضلاً عن أن مجموعاتها تتضمن أكثر من ثلاثة ألف (3,000) فهرس مطبوع للمخطوطات الإسلامية، جيء بها من أكثر من (70) سبعين بلداً. ونظمت مقتنيات المكتبة ورتّبت وفق نظام التصنيف المتبع في مكتبة الكونغرس (LCC)، وذلك لتيسير استخدامها، في حين أن فهارس مجموعة المخطوطات الإسلامية جرى تصنيفها وفق البلد الذي تنتمي إليه المخطوطة.
