تشكل المخطوطات الإسلامية جزءاً ذا أهمية خاصة من التراث الإسلامي. فقد أنتجت الحضارة الإسلامية خلال أربعة عشر قرناً من التاريخ عدداً هائلاً من الأعمال المخطوطة معظمها باللغة العربية والفارسية، ولكن منها أيضاً بالتركية والأوردية والبنغالية والملايوية، والسواحلية وغيرها. يبلغ عدد هذه الأعمال أكثر من ثلاثة ملايين. وتغطي عملياً حقول الفكر ومجالاته كلها، بدءاً من التفسير القرآني إلى الفقه، ومن التاريخ إلى الفلك، ومن الجيولوجيا إلى التكنولوجيا، ومن الشعر إلى البلاغة، إلخ. وقد تم انتاج هذه المخطوطات في العالم الإسلامي كله من الصين الغربية إلى أرخبيل الملايو، إلى الأندلس والمغرب. أسست مؤسسة الفرقان للتراث الإسلامي بهدف توثيق وحفظ المخطوطات الإسلامية، وذلك من خلال تسجيل / مسح المخطوطات الإسلامية، وفهرستها، وتصويرها، وتحقيقها، ودراستها، ونشرها.