كانت المدينتان قبل نزول الإسلام مركزين حضاريين ونقطتي لقاء لثقافات وأديان مختلفة. وبنزول الإسلام أصبحتا بؤرتين للإعلان عن آخر الأديان السماوية. إذ كانت مكة مكان مولد النبي، وكانت المدينة المكان الذي هاجر إليه. واحتفظت المدينتان لمدة أربعة عشر قرناً بمكانتهما الخاصة بوصفهما مركزي النشاط الإسلامي الثقافي والأكاديمي. واعترافاً بأهمية دراسة التراث التاريخي والإسلامي للمدينتين، ولكون هذا التراث مقدساً ورفيع المقام لدى المسلمين كافة، اضطلعت مؤسسة الفرقان بمسؤولية نشر عمل مرجعي شامل تحت عنوان "موسوعة مكة والمدينة".
تُعد موسوعة مكة المكرمة والمدينة المنورة، التي يُصدرها مركز الموسوعة الموجود في جدة، مشروعاً طموحاً بعيد الأثر. إذ أن هدفه الأساس هو الاعتراف بدور المدينتين العلمي والثقافي، وبيان أهميتهما التاريخية عن طريق إبراز دورهما في نشر المعرفة والعلم في أقاليم جغرافية مختلفة. نشر أول مجلد من الموسوعة في العام 2007.