عد عقد الدورة التدريبية الأولى في المكتبة السليمانية من 29 أغسطس حتى 30 سبتمبر 1994، نظمت المؤسسة دورتها التدريبية الثانية على فهرسة المخطوطات في المكتبة السليمانية من 13 حتى 29 سبتمبر 2010 بالتعاون مع مركز البحوث للتاريخ الإسلامي والفنون والثقافة الإسلامية (IRCICA) ومع المكتبة السليمانية.
التحق بالدورة التدريبية 54 مشاركاً. وبعد إجراء عملية انتقاء، تم اختيار 14 منهم ليكونوا مفهرسين. وقد أخذت بالحسبان معايير مختلفة في عملية الانتقاء، مثل خبرتهم في مجال الفهرسة ومستوى كفاءتهم باللغة العربية.
لقد تم تبني بطاقة الفرقان القياسية للفهرسة كأساس لفهرسة مخطوطات المكتبة والمكتبات الفرعية التابعة لها. كما زوّدت المؤسسة المفهرسين بأدوات الفهرسة الالكترونية والانترنت وتدريبهم عليها، وهي طريقة تستخدمها المؤسسة لأول مرّة.
وبعد الدورة التدريبية، طلب إلى المفهرسين المختارين أن يكونوا جزءاً من المشروع الضخم الذي تضطلع به مؤسسة الفرقان بالتعاون مع المكتبة السليمانية وال IRCICA الهادف إلى فهرسة المخطوطات العربية والفارسية الموجودة في المكتبة السليمانية ابتداءاً بالمرحلة الأولى، وهي فهرسة مجموعة أيا صوفيا